Quyết định số 1942/QĐ-TTg ngày 20/10/2014, lưu vực hệ thống sông Đồng Nai được chia thành 7 vùng tiêu thoát nước bao gồm: 2 vùng tiêu là sông La Ngà, sông Bé áp dụng giải pháp tiêu thoát nước tự chảy hoàn toàn và 5 vùng tiêu là sông Sài Gòn, sông Đồng Nai, sông Vàm Cỏ Đông, sông Vàm Cỏ Tây (1 phần khu vực tỉnh Long An), các sông nhỏ ven biển có địa hình thấp hơn mực nước sông trong mùa lũ áp dụng giải pháp
tiêu thoát nước tự chảy kết hợp với tiêu động lực.
Về các giải pháp thoát nước và
xử lý nước thải, Quyết định nêu rõ, đối với các đô thị từ loại III trở lên đang sử dụng mạng lưới thoát nước chung, đề xuất giải pháp xây dựng hệ thống thoát nước hỗn hợp trên cơ sở mạng lưới thoát nước chung hiện có và xây dựng mới hệ thống thoát nước nửa riêng (gồm cống bao, giếng tách dòng,…) để đưa nước thải về nhà máy xử lý tập trung.
Các đô thị mới, đô thị loại IV, V từng bước xây dựng hệ thống thoát nước riêng cho nước mưa và nước thải. Nước thải được thu gom về nhà máy
xử lý nước thải tập trung và được xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật môi trường trước khi xả ra nguồn tiếp nhận.
Tại các khu công nghiệp xây dựng hệ thống thoát nước riêng,
thu gom xử lý nước thải đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật về môi trường trước khi xả ra nguồn tiếp nhận. Dự kiến xây dựng 51 nhà máy xử lý nước thải sinh hoạt tại các đô thị từ loại III trở lên thuộc phạm vi lưu vực hệ thống sông Đồng Nai với công suất đến năm 2020 là 2.502.800 m3/ngày đêm và đến năm 2030 là 4.181.500 m3/ngày đêm.
Ước tính vốn đầu tư xây dựng hệ thống thoát nước (bao gồm hệ thống thoát nước mưa, nước thải,
trạm xử lý nước thải) trong phạm vi lưu vực sông Đồng Nai đến năm 2020 khoảng 99.100 tỷ đồng đến năm 2030 khoảng 69.200 tỷ đồng (được huy động từ nhiều nguồn khác nhau).